Statistical analysis of the Fourier Spectra of the ENCODE regulatory regions

  • O. Paredes Maestría en Ciencias en Ingeniería Electrónica y Computación, CUCEI, Universidad de Guadalajara
  • R. Romo-Vázquez Departamento de Ciencias Computacionales, CUCEI, Universidad de Guadalajara
  • H. Vélez-Pérez Departamento de Ciencias Computacionales, CUCEI, Universidad de Guadalajara
  • J. A. Morales Departamento de Ciencias Computacionales, CUCEI, Universidad de Guadalajara

Abstract

 

En la actualidad, nuevas bases de datos genómicos (secuencias de ADN) son puestas al alcance del dominio público para su análisis. La bioinformática ha desarrollado algoritmos para extraer información y características de dichas secuencias. Sin embargo, estos algoritmos bioinformáticos tienen limitaciones. Una alternativa es utilizar herramientas propias del procesamiento digital de señales (DSP) adaptadas a secuencias genómicas (procesamiento de señales genómicas - GSP). El presente trabajo versa sobre el análisis de los cuatro primeros momentos centrales (media, desviación estándar, asimetría y curtosis) y dos momentos estadísticos (mediana y varianza) de los espectros frecuenciales de las 15 Regiones Reguladoras (RRs) de la base de datos ENCODE con el objetivo de estudiar diferencias estadísticas y frecuencias características. La base de datos seleccionada es “mapeada”. Luego, la FFT es calculada a estas señales genómicas y finalmente los momentos estadísticos son implementados. Los resultados muestran la existencia de 3 grupos de RRs utilizando la media, mediana y curtosis. La desviación estándar y la varianza, parecen no resaltar información importante. Finalmente, la asimetría revela un comportamiento homogéneo ante la presencia de valores atípicos en algunas RRs. Estas observaciones permiten inferir que la periodicidad dentro de la secuencia está relacionada o podría determinar la función biológica que desempeña la misma secuencia.

Published
2017-09-14
How to Cite
Paredes, O., Romo-Vázquez, R., Vélez-Pérez, H., & Morales, J. A. (2017). Statistical analysis of the Fourier Spectra of the ENCODE regulatory regions. Mexican Journal of Biomedical Engineering, 38(3), 637-645. https://doi.org/10.17488/RMIB.38.3.10
Section
Special Issue